Picard

Picard是一组用于高通量测序数据和SAM/BAM/CRAM/VCF等文件的命令行工具集合。

picard MarkDuplicates

picard的MarkDuplicates使用的最广泛的去除PCR重复的工具了，要求输入的bam文件为按照比对位置排序之后的文件，用法如下

# 第一步，按照coordinate排序bam文件
samtools sort -o positionsort.bam input.bam
# 第二步，运行MarkDuplicate命令
java -jar picard.jar MarkDuplicate \
I=positionsort.bam \
O=markdup.bam \
M=markdup.metrc.csv

从FASTAQ或者aligned BAM创建一个unmapped BAM（uBAM）

学习资料

java -jar picard.jar FastqToSam \
      F1=file_1.fastq \
      O=fastq_to_bam.bam \
      SM=for_tool_testing 

java -jar picard.jar RevertSam \
     I=input.bam \
     O=reverted.bam

https://broadinstitute.github.io/picard/index.html
https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079800
https://www.jianshu.com/p/5781e7d74c40