public GWAS summary statistics for AD

The public GWAS summary statistics for AD was obtained from the IEU OpenGWAS project (https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/) with GWAS ID: ieu-b-2.

这里的 ieu-b-2 并不是原始 GWAS 基因型数据（如 .bed/.bim/.fam），而是 GWAS summary statistics（GWAS 汇总统计结果）。它的主要作用是作为下游分析的输入数据，而不是重新做 GWAS。

1. ieu-b-2 包含什么？

ieu-b-2 是一个关于阿尔茨海默病（AD）的 GWAS 汇总统计数据集，来源于多个欧洲队列，共约 21,982 个病例和 41,944 个对照，包含约 1050 万个 SNP 的关联统计结果。(opengwas.io)

它不是每个受试者的基因型，而是每个 SNP 的统计信息，例如：

其中常见字段包括：

• SNP ID（rsID）
• Effect Allele（效应等位基因）
• Other Allele（另一等位基因）
• β 或 OR（效应大小）
• SE（标准误）
• P 值
• EAF（效应等位基因频率）

2. 它的作用是什么？

（1）作为 Mendelian Randomization（MR）的 Outcome 数据 ⭐⭐⭐⭐⭐

这是最常见的用途。

例如研究：

肠道菌群  ─────►  阿尔茨海默病

流程是：

菌群 GWAS
      │
      │ 选择工具变量(SNP)
      ▼
      SNP
      ▼
AD GWAS summary（ieu-b-2）
      ▼
MR分析

这里 ieu-b-2 提供的是：

每个工具 SNP 与 AD 的关联效应（β、SE、P）

然后可以计算：

[
\beta_=\frac{\beta_{SNP\rightarrow AD}}
{\beta_{SNP\rightarrow Exposure}}
]

所以很多 MR 论文都会写：

"The public GWAS summary statistics for AD were obtained from IEU OpenGWAS (ieu-b-2)."

意思就是 把它作为 Outcome GWAS 数据集使用。

（2）计算 Polygenic Risk Score（PRS）

如果有一个人的基因型：

Sample A
rs1 AA
rs2 AG
rs3 GG

再结合 ieu-b-2 中每个 SNP 的 β：

PRS = Σ(genotype × β)

就可以得到该人的 AD 遗传风险评分。

（3）遗传相关性分析（LDSC）

例如研究：

SCZ（精神分裂症）
        ↕
Alzheimer

需要两个疾病的 summary statistics。

LDSC 输入就是：

SCZ summary
AD summary (ieu-b-2)

输出遗传相关系数 (r_g)。

（4）TWAS / SMR / Colocalization

很多整合分析只需要 summary statistics：

eQTL
    │
    ▼
Gene Expression
    │
    ▼
AD GWAS summary（ieu-b-2）

用于寻找可能影响 AD 的基因。

（5）Fine Mapping

根据 summary statistics：

β
SE
P
LD

进一步定位真正的因果变异。

3. 它不能做什么？

因为它没有个体数据，所以不能：

❌ 做基因型 QC
❌ 做 Imputation
❌ 做 PCA 校正
❌ 重新跑 GWAS
❌ 查看每个人的基因型（AA/AG/GG）

例如你无法知道：

Sample1  rs123 = AA
Sample2  rs123 = AG

它只告诉你：

rs123:
β = 0.12
SE = 0.03
P = 5e-8

4. 与原始 GWAS 数据的区别

可以把它理解成：

原始数据
Sample1  AA AG GG ...
Sample2  AG GG AA ...
Sample3  GG AG AG ...
        │
        │ 运行 GWAS
        ▼
Summary Statistics
rs1 β SE P
rs2 β SE P
rs3 β SE P

5. 如果结合你现在做的“GWAS + 宏基因组联合分析”

假设你自己的队列只有宏基因组数据，没有 AD 的 GWAS 原始数据，那么 ieu-b-2 可以直接作为公开的疾病 GWAS 结果来使用。例如：

你的菌群 GWAS（Exposure）
           │
           │ SNP
           ▼
      AD GWAS（ieu-b-2）
           │
           ▼
     Mendelian Randomization
           │
           ▼
推断菌群是否可能因果影响 AD

因此，论文中的这句话：

The public GWAS summary statistics for AD was obtained from the IEU OpenGWAS project with GWAS ID: ieu-b-2.

真正表达的意思就是：

作者下载了阿尔茨海默病的 GWAS 汇总统计数据（summary statistics），作为后续 MR、遗传相关性分析、PRS、TWAS 或其他二次分析的输入，而不是重新进行 GWAS。(opengwas.io)