Seurat 基因表达数据查看教程

1. 查看 obj_sub 中标准化后的基因表达数据

在 Seurat 对象中，标准化后的表达数据存储在 RNA assay 的 data slot 中（默认是 log1p(TP10K) 标准化）。

# 查看完整的标准化表达矩阵
GetAssayData(obj_sub, assay = "RNA", slot = "data")

# 或使用默认参数（默认取 slot = "data"）
GetAssayData(obj_sub, assay = "RNA")

# 查看特定基因的标准化表达值
FetchData(obj_sub, vars = genes_vec)

# 用矩阵形式查看指定基因
as.matrix(obj_sub[["RNA"]]$data[genes_vec, ])

2. 如何判断 GetAssayData 获取的是标准化数据

GetAssayData(obj_sub, assay = "RNA") 默认取 slot = "data"，即标准化后的数据。

方法一：对比不同 slot 的数值特征

# data slot（标准化 log-normalized）
norm <- GetAssayData(obj_sub, assay = "RNA")           # 或 slot = "data"

# counts slot（原始 UMI 计数）
raw  <- GetAssayData(obj_sub, assay = "RNA", slot = "counts")

# scale.data slot（z-score 缩放）
scaled <- GetAssayData(obj_sub, assay = "RNA", slot = "scale.data")

# 对比前几个值：counts 是整数，data 是小数
norm[1:5, 1:5]
raw[1:5, 1:5]

方法二：快速一行判断

# 如果有小数出现，说明是 data slot（标准化数据），而非 counts
any(GetAssayData(obj_sub, assay = "RNA") %% 1 != 0)

• 返回 TRUE → 是标准化数据（有小数）
• 返回 FALSE → 是 raw counts（全是整数）

3. 三个 slot 的区别